L'intérieur du terminal s'étend sur deux niveaux. Au rez-de-chausée, l'ancien hall de remisage des rames accueille les passagers embarquants et permet l'enregistrement et la vérification des bagages. Les ambiances entre les deux niveaux sont volontairement contrastées, plus feutrées au rez-de-chaussée et très lumineuses au 1er étage.
L'accès à l'étage se fait soit par un escalier monumental associant le bois et le métal donnant de larges ouvertures vers le quai et surtout vers les navires à quai, soit par ascenseurs. Cet espace offre un salon d'attente pour les passagers à l'embarquement et un espace de divers contrôles : commercial, sécurité (portique et tunnel d'inspection aux rayons X), douanes, police.
Au total, la deuxième phase a réuni 19 entreprises, le chantier a été orchestré par Arnaud Sompairac, architecte mandataire, Thierry Nabères, Didier Besuelle et Lionel Salley, architectes associés, le pilotage étant assuré par Nemesio Bustamante.
L'enveloppe globale de ce chantier s'élève à 7,6 millions d'euros, dont 2,3 millions d'euros consacrés à la 1ère phase. Ces travaux ont été réalisés grâce à la contribution financière de nombreux partenaires tels que le Syndicat Mixte du Cotentin (20 %) dont 10 % par le Conseil Général, le Conseil Régional (10 %), l'Europe avec les fonds Feder (40 %), l'Etat avec la DRAC et le FRED (20 %) et la CCI (10 %).